Megaman zero 4

Un tiempo después, Zero y la Resistencia han enfrentado la amenaza que representa Neo Arcadia y su líder, Dr. Weil. Ahora, los humanos, que vivían en su utopía de Neo Arcadia, han comenzado a observar la maldad de Weil y deciden escapar de la ciudad en busca de un lugar llamado "Area Zero" donde alguna vez se estrelló la colonia Eurasia (evento presente en Megaman X5), como producto de la falta de intervención humana y reploide, la naturaleza ha vuelto a tomar su curso.

Weil no está dispuesto a permitir que los humanos obtengan su libertad y envía a su armada de ocho guerreros al mando de un reploide comandante llamado Craft para cazar a los escapados, atacar y destruir Area Zero.

Ahora que X ya no puede interferir, Zero debe una vez más enfrentarse a Neo Arcadia para defender a los humanos, pero éstos están cansados de la existencia de los reploides, pues ellos creen que los reploides sólo generan guerras, debido a esto, ellos no confían en Zero ni en la Resistencia. Ignorándolos, Zero decide hacer frente a Craft antes que sus tropas destruyan la naturaleza en el Área 0, para ello debe derrotar a los ocho reploides enviados por Weil.